Юен Гордон МакГрегор народився 31 березня 1971 року в Перті, Пертшир, Шотландія, в сім'ї Керол Дайан (Лоусон) і Джеймса Чарльза МакГрегора, обидва вчителі. Його дядько – актор Денис Лоусон. Він виріс у Кріффі. У 16 років він залишив Академію Моррісона, щоб вступити до Пертського репертуарного театру. Батьки переконали його залишити школу та зайнятися акторською майстерністю. МакГрегор протягом року вивчав драматичне мистецтво в Кірккалдлі у Файфі, а потім вступив на трирічний курс навчання до лондонської Школи музики та драми Гілдхолл. Він навчався разом з Деніелом Крейгом та Алістером МакГоуеном, серед інших, і пішов прямо перед закінченням школи, отримавши роль рядового Міка Хопера в шестисерійному серіалі Денніса Поттера "Губна помада на твоєм комірці" (1993). Його першою помітною роллю стала роль Алекса Лоу у фільмі "Неглибока могила" (1994), режисера Денні Бойла, сценариста Джона Ходжа та продюсера Ендрю Макдональда. Потім були фільми "Інтимний щоденник" (1996) і "На голці" (1996), останній з яких привернув до нього загальну увагу.
Зараз він є одним із найвизнаніших критиками акторів свого покоління і грає роль Обі-Вана Кенобі у перших трьох епізодах "Зоряних воєн". МакГрегор одружений з французькою художницею-постановницею Євою Мавракіс, з якою він познайомився під час роботи над телесеріалом "Кавана" (1995). Вони одружилися у Франції влітку 1995 року, і мають чотири дочки. МакГрегор разом з друзями Джонні Лі Міллером, Шоном Пертві, Джудом Лоу, Седі Фрост, Деймоном Брайантом, Бредлі Адамсом і Джеффом Діханом створив продюсерську компанію під назвою "Natural Nylon" і сподівався, що вона зніматиме новаторські фільми, не відповідатиме стандарту. МакГрегор і Брайант покинули компанію у 2002 році. Він був нагороджений офіцером Ордену Британської імперії у списку новорічних нагород королеви 2013 року за заслуги у драматургії та благодійності.
Режисерський дебют Юена відбувся у фільмі "Американська пастораль" (2016), екранізації книги Філіпа Рота, в якому Юен також відіграв головну роль.
У 2018 році МакГрегор отримав "Золотий глобус" за роботу у телесеріалі "Фарго".